Для истории:
В общем диск я скопировал с опцией conv=noerror в процессе копирования было несколько ошибок. Возможно действительно диск уже плохой. Потом отключил старый и для надежности поверх накатил файловый бэкап. Кажется что всё работает, но надо ещё внимательно всё проверить. Расширение зашифрованного раздела - отдельная история. Процедура несложная, но очень плохо документированная. Тайна передается мудрецами из уст в уста, в процессе передачи иногда искажается. Наиболее удачно описано здесь, но там важно прочитать комментарии мелким шрифтом, без них не работает
https://unix.stackexchange.com/questions/320957/extend-a-luks-encrypted-partition-to-fill-disk