Странно, но проблема решилась сама собой. Параметры системы -> Оборудование -> Экран -> Обеспечение эффектов - потыкал настройки, в итоге выставил, как на скриншоте ниже (думаю, что они стояли по дефолту), перезагрузился - и проблемы нет. Тему можно закрывать.
Вопрос в заголовке. В частности, интересует полупрозрачность консольных приложений (Konsole, Yakuake и т.д.). Например, при настройке профиля Konsole обнаружил, что, якобы, графическая система не поддерживает прозрачность (на скриншоте ниже). Пакеты xserver-xorg-video-intel и mesa-utils обновлены.