Там написано, что: "Если вы являетесь пользователем пакета, из-за которого pip выдает это предупреждение, обратитесь к авторам пакета. Сообщение начинается как DEPRECATION: [package name here] [version number here] has a non-standard [...]".
То есть, в пакетах есть ошибки в спецификаторах зависимостей, которые может исправить только автор пакета.